Lagos Büyükelçiliği 30.08.1962 tarihinde faaliyete başlamıştır. Başkentin Lagos’tan Abuja’ya taşınması üzerine Abuja Büyükelçiliğimiz, ilk aşamada Abuja İrtibat Bürosu olarak 1 Eylül 1999 tarihinde faaliyete başlamıştır. 2001 yılında T.C. Lagos Büyükelçiliği kapatılarak Abuja’ya taşınmışıtr. Anılan tarihten bu yana Büyükelçiliğimiz “T.C. Abuja Büyükelçiliği” olarak faaliyetlerine devam etmektedir. Lagos’ta “İrtibat Bürosu” olarak çalışmalarını sürdüren eski Büyükelçilik mekanı ise 2003 yılı Mayıs ayında kapatılarak taşınma işlemi tamamlanmıştır.

Büyükelçiliğimiz ayrıca, Batı Afrika Devletleri Ekonomik Topluluğu (ECOWAS) nezdinde Daimi Temsilcilik görevini de yürütmektedir.